A padlizsánt, a paradicsomot és a cukkiniket 1-2 mm-es szeletekre vágjuk és félretesszük. Előmelegítjük a sütőt 190˚C-ra. Elkészítjük a mártást: Egy kb. 30 cm átmérőjű, jó magas falú (hogy a keletkező szaft ne csorogjon ki), sütőben is használható serpenyőben felmelegítjük az olajat és közepes hőmérsékleten, 8-10 perc alatt puhára dinszteljük benne a hagymát, a fokhagymát és a paprikákat. Fűszerezzük sóval és borssal, majd hozzáadjuk a paradicsompürét. Addig keverjük, amíg az összetevők teljesen összefőnek, ez kb. 2-3 perc. A mártást levesszük a tűzről, majd hozzáadjuk a bazsalikomot. Még egyszer átkeverjük, majd spatulával elsimítjuk a serpenyő alján.
A szeletelt zöldségeket váltakozva a mártás tetejére állítjuk-fektetjük, a serpenyő külső szélétől a közepe felé haladva. A zöldségeket fűszerezzük sóval és borssal. 
Elkészítjük a fűszeres öntetet: Egy kis tálban az olajhoz keverjük a bazsalikomot, a fokhagymát, a petrezselymet, a kakukkfüvet, a sót és a borsot. Ezt rákanalazzuk a zöldségekre. A serpenyőt lefedjük alufóliával és 40 percre a sütőbe helyezzük. Ez idő elteltével, a fóliát levesszük és további 20 percig sütjük a ratatouille-t, amíg a zöldségek megpuhulnak. Forrón, friss, ropogós kenyérrel tálaljuk.